綜合科——負責本站的日常事務，負責后勤服務、考勤及值班安排；負責文件收發、處理，對各種文件資料及時收集、整理、歸檔和檔案管理；負責與廳財務核算中心銜接，協助做好日常報賬管理；負責組織編報年度財政預算；負責全站年度績效考評工作；負責本站資產管理及政府采購；負責安排會議、培訓班和業務接待；負責離退休人員管理；負責車輛管理。

質檢科——負責林木種苗質量檢驗站日常工作；開展種苗質量檢驗與仲裁、檢驗技術培訓等；負責省級種苗示范基地實驗示范項目日常管理；負責新品種開發、試驗示范、推廣等；負責協調林木行業協會及林木種苗網相關工作；負責林木良種生產、經營許可證核發；負責種子檢測中心、種子冷庫日常管理；負責種子儲備工作。

行業科——負責全區種苗工程建設管理、檢查指導；負責全區林木良種基地建設管理；負責組織指導全區種苗生產、技術指導，做好種苗信息統計、種苗調劑；負責林木種質資源管理和品種選育、良種審定；負責指導國有苗圃管理與改革。

執法科——負責宣傳貫徹國家和自治區有關林木種苗政策、法律、法規，代局擬定配套政策、法規;負責組織制定、推行種苗標準；負責種苗行政執法、質量監督；組織開展全區種苗質量抽查；負責種苗行政審批；負責林木良種生產、經營許可證監管。